一、教育部哲学社会科学重大攻关项目：
宗教与社会主义社会相适应的理论与实践研究（方立天）
二、教育部人文社会科学重点研究基地重大研究项目
1，汉魏佛道儒三教关系研究（方立天）
2，隋代三大师佛学思想综合研究（张风雷）
3，二十世纪中国禅学研究的方法论检讨（宣方）
4，佛教与宗教学研究译丛（一）（何光沪、宣方）
5，佛教与宗教学研究译丛（二）（何光沪、宣方）
6，朋霍费尔与世俗激进神学（杨慧林）
7，宗教在中国社会转型时期的文化功能（杨慧林）
8，宗教与近代中国文化变迁（何建明）
三、国家社会科学基金项目
1，中世纪理性与信仰之争及其现代意义（李秋零）
2，当代基督教神学对一体化与全球化问题的回应及其意义
（杨慧林）
3，基督教对欧洲三大神话系统的影响和诠释（杨慧林）
4，中国近代社会转型时期的佛教文化变迁与西学东渐
（何建明）
四、教育部哲学社会科学基金项目
中世纪欧洲文学与基督教（杨慧林）
五、海内外交流与合作项目
1，隋唐时期儒释道三教的冲突与融合
（霍英东教育基金会研究项目、张风雷）
2，天台智者大师年谱详编
（中国人民大学亚洲研究中心、韩国高等教育财团项目，张风雷）
3，基督教与西方文学（美国PESI基金，杨慧林）
4，近代中国基督教本土化与佛教
（亚洲基督教高等教育联合董事会项目，何建明）
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